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现在越来越多的人使用 Adobe InDesign CS2 来排版，InDesign 的功能是非常强大的，但是 InDesign 并不包含化学公式图形的输入方法，为此我们需要用第三方插件来输入，或在其它专业软件中做好后再置入。
在化学资料、书籍的排版时，许多化学符号、反应方程式、化学结构式、化学图形等要处理，一般的办公软件 Microsoft Word、WPS 等，虽具有化学功能模块，但只能作一些简单的操作，且操作烦琐，效率低。国内开发的一些小型专业化学软件，如超级化学助手、化学金排、小猪化学分子结构模型编辑器等，相对功能比较弱，不能解决复杂的化学绘图问题，而且这些软件与 Microsoft Word 结合得比较好，与 InDesign 等配合就不行，如化学金排的图形粘贴到 Illustratot、InDesign 中时会变形。因此，只能在一些专业的化学软件中作好后再复制或导出后输入到 InDesign 中。
1、ChemDraw
ChemDraw是世界上使用最多的大型软件包ChemOffice中的一个组件，其最新版本是Chem Office Ultra 2006 (ChemDraw Ultra 10.0) 。 ChemDraw是国内外最流行、最受欢迎的化学绘图软件，它可以建立和编辑与化学有关的一切图形。例如， 建立和编辑各类化学式、方程式、结构式、立体图形、对称图形、轨道等，并能对图形进行翻转、旋转、缩放、存储、复制、粘贴等多种操作。基于国际互联网技术开发的智能型数据管理系统，包含的多种化学通用数据库共四十多万个化合物的性质、结构、反应式、文献等检索条目的分析和利用，可为化学家的目标化合物设计、反应路线选择和物化性质预测以及文献的调用提供极大的方便。
ChemDraw软件有 Win、MAC 二种版本，在开发者网站：http://www.camsoft.com 提供试用版下载，约 275MB，在安装时可选择只安装 ChemDraw 部分。
ChemDraw Ultra 10.0 的功能是非常强大的，当然我们最关心的是与 InDesign 的配合问题，根据本人的试用，ChemDraw Ultra 10.0可以输出标准的 EPS 文件，但是在 ChemDraw Ultra 10.0中文字不能转曲线，输出的是内嵌字体的 EPS 文件，在置入 InDesign 时内嵌的字体不能被 InDesign 识别，会自动转换成系统默认字体。
如果用复制粘贴的方法也需经 Illustrator 中转。
2、ChemWindow 6.0
ChemWindow 6.0 主要功能是能绘出各种结构和形状的化学分子结构式及化学图形，可直接采用工具箱中的各种图标进行操作，非常快速、便捷。大量的结构式模板，使用起来非常方便，在绘制化学专业图形方面，速度快、操作简便、功能强大，还具有一般其它绘图软件所不具备的化学分子图形编辑功能。 另一重要的作用是，它能提供许多实验仪器进行组装，可作为演示工具等。ChemWindow运行于Windows平台下，可与其它软件联用， 兼容性好，可出色地完成一般化学科技论文的撰写及其它化学工作。
ChemWindow 6.0 不能输出为平面设计软件所用的文件格式，只能用 Illustrator 中转粘贴的方法输入到 InDesign 中。
ChemWindow 6.0 软件开发者网站：http://www.softshell.com，ChemWindow 6.0 有汉化版，程序约为14MB。
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